实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院(设中荷机电工程学院)、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院(设徐悲鸿艺术学院)、科学研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。
学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了大量毕业生，被誉为“高级航运物流人才的摇篮”。
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