制药工程专业是培养从事药品制造工程技术，富有创新精神的宽口径、复合型人才为目标的化学、药学和工程学交叉的工科专业。本专业按照工程教育认证的要求和标准建设于2008年，依托化学与化工学院雄厚的基础化学实验条件以及化学生物学和制药工程系较为完善的专业实验条件，同时又以化学生物学专业为支撑，形成化学、生物和制药交叉融合的鲜明特色和优势。
无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、药物化学、化工原理、药物分析、药物合成反应、波谱与色谱分析、工业药剂学、制药工艺学、制药设备和工艺设计、药品质量管理与药事法规等。本专业现有专任教师9人，全部具有博士学位，其中高级职称2人(含中科院“百人计划”1人)，中级职称7人。
1、江苏省进档考生录取规则：按先分数后等级、分数优先的原则安排录取专业，且选测科目要求等级“双B”以上。等级顺序为A+A+、A+A、AA、A+B+、A+B、AB+、AB、B+B+、B+B、BB。同分同等级考生按语文、数学科目的总分(含附加分)从高到低排序。
2、内蒙古自治区实行“招生计划1:1范围内按专业志愿排队录取”的录取规则。
培养目标制药工程专业培养侧重化学制药技术与工程，适当向中药、生物制药技术与工程延伸，基础扎实、理工结合、素质全面，既具备制药工程专业技术知识和生产管理等方面的能力，又具有良好的职业道德、高度的社会责任感、较强的产品质量意识和一定的国际化视野和社会交流能力，毕业5年后能在制药及其相关领域的生产企业、科研院所、设计院和管理部门从事产品研发、工程设计、质量管理和科技服务等工作的适应社会主义现代化建设需要，德智体等全面发展的人才。
就业方向制药工程专业可在制药、精细化工及其相关领域的生产企业、科研院所、设计院和管理部门从事产品研发、工程设计、质量管理和科技服务等工作。2013年招收首届本科生;为促进中外文化交流与科技合作、提高本专业在海外知名度，2020年始招收国际留学生，具有较好的发展前景。
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