黄山职业技术学院医学系下设护理教研室、外科教研室、内科教研室、公共卫生教研室、医学基础教研室、药学教研室，专业设置包括护理、助产、医药营销、医学影像技术、康复保健、营养与保健等专业，其中护理专业为省级重点建设专业，2012年被确定为中央财政支持高等职业学校提升专业服务产业发展能力项目的专业。学历有三个层次，即高中起点的全日制三年制高职、初中起点的五年制高职及初中起点的三年制中专。
黄山职业技术学院医学系非常重视教师教科研能力的提高，承担多项省级教改及科研项目的实施，主持专业课程的开发与教材编写。自2003年医学系教师主编、参编了教育部“技能型紧缺人才培养培训工程教材”、“面向21世纪全国卫生职业教育系列教改教材”、省部级卫生职业院校规划教材二十余部。现有省内外实习医院72家。五年制高职学生就业率均达到100%，在省内同类院校名列前茅。
护理专业简介：护理专业为省级重点建设专业，2012年被确定为中央财政支持专业。从2002年以来，与安徽省高等医学专科学校挂靠开办五年一贯制专科教育，十年来已培养专科层次护理专业学生1600余名。2010年学院开始招收五年制高职学生，2012年开始招收三年制高职学生，现有在校高职护理专业学生1500余人。多年来与安徽医科大学合办成人高职护理教育，并且形成一定规模。高职教育办学经验不断积累，办学质量受社会公认，招生势头好，就业需求旺，专业建设稳步发展。
护理专业培养目标：培养具有良好的职业道理和健康的体魄，具有创新意识和奉献精神，具备人文社会科学、医学、预防保健基本知识及专业能力，具备护理学基本理论知识和专业技能，能与患者良好沟通，能及时发现和处理常见病、多发病、危急重症患者的健康问题并实施整体护理，熟练掌握常用护理操作技能，满足满足我国卫生服务第一线需要的人才。
黄山职业技术学院医学系专业简介及专业培养目标助产专业简介：助产专业为院级重点建设专业，培养的学生技能过硬、综合素质强，就业率高，部分学生实习期间就被医院留用。学生掌握现代助产专业的基本理论、基本知识、基本技能,具有一定的医学基础理论知识和人文社会科学知识，具有规范地进行妊娠诊断、产前检查、正常接生、产后处理、新生儿处理及健康指导的能力和对产科急症进行初步应急处理的能力。
助产专业培养目标：培养具有实施临床助产、妇产科护理等所必须的基本知识和技能、人文社会科学知识、初级卫生保健知识、基本医学知识;能分析和解决实践中的一般问题，拥护党的基本路线、方针、政策，热爱祖国，遵纪守法，品行端正，热爱助产事业、具有为医疗卫生事业的发展和人民健康服务的献身精神。
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