石河子大学医学院开设临床医学、护理学、预防医学、口腔医学、医学影像学、医学检验技术6个本科专业，其中临床医学为国家级特色专业。学院拥有4所附属医院（直属医院1所，非直属医院3所），1所临床学院，22所教学、实习医院，其中三甲医院11所,4个实习基地。学院重视精品、优质课程的建设,重视学生实践能力培养。目前有《病理学》国家级双语课程1门，省级精品课程9门，省级教学团队1个，《医学机能实验中心》自治区实验教学示范中心1个。学院有自治区教学名师3名，获自治区教学成果奖二等奖1项，三等奖1项。近两年，学院教师在全国高等医学院校青年教师教学比赛、全国多媒体课件大赛、全国教育教学信息化大赛中获奖33项。学院学生，获全国高等医学院校临床技能竞赛全国总决赛三等奖、全国首届护理专业本科临床技能大赛三等奖，首届中国“互联网+”大赛三等奖、“创青春”第十届“挑战杯”全国大学生创业大赛银奖等荣誉。
学院现有基础医学、临床医学、护理学、公共医学与预防医学、公共管理学等“中西部高校综合实力提升工程”学科建设项目5个，基础医学、临床医学自治区重点学科2个，病理与病理生理学、生物化学与分子生物学兵团重点学科2个。拥有疾病模型实验动物学博士点1个，基础医学、临床医学、护理学3个一级学科硕士学位点，临床医学硕士、护理硕士和口腔医学硕士3种硕士专业学位类别，病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、生理学、神经生物学、人体解剖与组织胚胎学、流行病与卫生统计学、社会医学与卫生事业管理、免疫学、病原生物学、外科学、内科学、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像学与核医学、临床检验诊断学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、急诊医学、麻醉学、法医学、医学生理学、医学分子生物学、运动医学、临床病理学、重症医学、医学社会学、医学心理学、全科医学34个硕士学位授予点。
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