在2021年全国大学排行榜中，南方医科大学排名第一百一十四位。重点学科为中西医结合，公共卫生与预防医学，基础医学。
南方医科大学全国排名第一百一十四位
南方医科大学办学规模：面向全国31个省、自治区、直辖市及港澳地区招生。现有17个学院，开设本科专业31个，其中7个国家特色专业，10个广东省特色专业，6个广东省名牌专业，全日制本科生13150人，研究生4898人，留学生1037人。本科生与研究生年度招生比例1.58:1，博士招生规模位列全国独立医学院校第2，在广东所有高校中排名第3。
南方医科大学优势专业
在南方医科大学所有专业中，中西医结合专业排名第十二；公共卫生与预防医学、基础医学专业排名并列第十三；护理学专业排名第十七。
| 序列 | 专业名称 | 专业排名 |
| 1 | 中西医结合 | 12 |
| 2 | 公共卫生与预防医学 | 13 |
| 3 | 基础医学 | 13 |
| 4 | 护理学 | 17 |
| 5 | 生物医学工程 | 21 |
| 6 | 临床医学 | 24 |
| 7 | 生物学 | 26 |
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