在2022年全国大学排行榜中，南京医科大学排名第一百一十四位。重点学科为公共卫生与预防医学，口腔医学，基础医学。
南京医科大学全国排名第一百一十四位
学校设有26个本科专业和3个“5+3”本硕一体化专业。目前，在校生总数为1.7万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。学校现有1个国家重点实验室、1个国家级国际联合研究中心、4个部级重点实验室、20个省级重点实验室（工程中心）、2个省级协同创新中心。拥有国内一流的医学模拟教育中心（MSC）和自主学习中心以及国内知名、省内一流的江苏省医药动物实验基地，建有江苏省唯一的省级卫生政策智库健康江苏研究院以及省内唯一的转化医学研究机构江苏省转化医学研究院。
南京医科大学优势专业
在南京医科大学所有专业中，公共卫生与预防医学专业排名第三；口腔医学专业排名第六；基础医学专业排名第七。
| 序列 | 专业名称 | 专业排名 |
| 1 | 公共卫生与预防医学 | 3 |
| 2 | 口腔医学 | 6 |
| 3 | 基础医学 | 7 |
| 4 | 护理学 | 8 |
| 5 | 临床医学 | 18 |
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