近年来通海二中以教育要“三个面向”为指针，全面贯彻党的教育方针，全面实施素质教育，坚持“德育为首，素质为本，教学为主，能力为重，特长为辅，全面发展”的办学指导思想及“确保每一个学生成人，力争更多的学生成才”的办学目标，深化改革，从严治校，科学管理，在学校管理、德育体系构建，特长学生的培养、教育手段的现代化建设，青年教师培养五个方面逐步形成了自身的办学特色。
学校组成了由校领导、政教办和各种学校组织负责人、班主任参加的值日小组，对学生进行全天候、全方面、多角度的检查、管理和考评，使学生“自我教育、自我管理、自我服务、自我约束”的能力不断提高。通过管理和考核，有力地促进了校风、班风和学风的优。
通海二中还对整体构建学校德育体系作了积极的探索和实践。高度重视德育队伍建设、制度建设，班风、校风建设，校园文化及环境建设。教育、管理、考核三位一体，有机结合，成效显著，并形成了强劲的主旋律——“教书育人，管理育人，服务育人”的德育合力，取得了国家级德育实验学校的殊荣。
本着因材施教，充分发挥学生的个性特长，通海二中于1998年在玉溪市率先创办高中体艺特长班。几年来，特长教育成效显著，已有160多人考上体育、艺术大专院校。一年一度的“体艺节”也已成为学校展示素质教育成果及风采的窗口，深受社会好评。
以计算机为主体的多媒体网络信息教育有力地推动着教育现代化的进程，成为提高教育教学质量新的增长点及突破口，基于此，学校及时筹措资金256万元投入教学手段现代化建设。已拥有先进的多媒体语音教室、计算机网络教室、大屏幕投影报告厅及校园教室闭路电视系统、电子阅览室……使学科实现了计算机多媒体辅助教学，开创了课堂教学的新时代，也使学校一跃成为国家级计算机校园网建设示范学校。
为了让青年教师尽快地掌握教学技能，成为骨干、名师，学校出台了多种让青年教师脱颖而出的方法。每年一届的新教师教学技能比赛，有力地促进了年青教师教育教学水平的提高，在市级举行的多项教学比赛中获得多个第一，取得了可喜的成绩。我校青年教师优良的教学素养，获得了各级评委及同行的一致好评。这也充分说明了通海二中在青年教师培养方面成效显著。
通过全校师生员工的共同努力 ，该校高考成绩稳中有升。通海县文科和理科状元曾3次出自该校。部分同学被清华、北大、上海交大、国防科大、同济医科大、武汉理工大、哈尔滨工大、云大等全国知名院校录取。学生参加各种竞赛成绩突出，多人次获奖，其中2003年10月的高中生全国奥赛中，数学获全国二等奖，物理获全国三等奖，为通海县最好成绩；06年全国高中生化学竞赛中有2人获三等奖。
通海二中先后被评定为国家级“九五”重点实验课题——“整体构建学校德育体系的研究与实验”云南省首家实验学校，云南省文明学校，云南省德育先进集体，云南省现代教育技术实验学校，云南省电化教育先进集体，国家级计算机校园网建设示范学校，国家中西部中小学校园网建设示范学校。
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