学院始建于1948年，其前身为闻名全国的黑龙江省佳木斯农业学校。2001年3月，经黑龙江省人民政府批准，晋升为黑龙江农业职业技术学院。2006年，在教育部高职高专院校人才培养工作水平评估中被评为优秀学校。2011年被黑龙江省教育厅确定为“黑龙江省骨干高等职业院校建设项目立项院校”。
学院拥有农学系、建筑工程系、信息工程系、经济管理系、畜牧兽医系、机电工程系、外语系、基础部等七系一部。设有农作物生产技术、园艺技术、园林花卉技术、生物技术及应用、畜牧兽医、软件技术（游戏）、软件技术（华信-日立对日方向）、软件技术（北大青鸟方向）、计算机及应用、计算机网络技术、计算机网络技术与信息处理、计算机美术设计、电子商务、会计电算化、会计、市场营销、物流管理、旅游管理、公共事业管理、国土资源管理、商务英语、商务日语、商务俄语等42个专业。
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